Fitoplankton menjadi salah satu faktor yang dapat mempengaruhi keberhasilan budidaya. Fitoplankton memiliki peran sebagai pakan alami, produsen oksigen, dan gambaran kualitas air pada lokasi budidaya. Salah satu kelompok fitoplankton yang umum ditemukan yaitu blue-green algae (BGA).
BGA atau Cyanobacteria merupakan kelompok alga yang memiliki mempunyai kemampuan untuk berfotosintesis. Warna biru hijau dari BGA diakibatkan oleh kombinasi klorofil yang mengakibatkan warna hijau dan fikosianin yang mengakibatkan warna biru. BGA dapat berkembang biak dengan pembelahan sel atau dengan pembentukan spora. Habitat BGA memiliki cakupan yang luas karena dapat hidup pada perairan tawar, payau, dan laut. Dapat tumbuh optimal pada suhu 25-35℃, dengan pH 7,5-9.
BGA memilliki kemampuan unik, yaitu dapat mengapung. Kemampuan tersebut didukung oleh adanya vesikel atau kantong udara dalam sel yang dapat digunakan untuk mengatur kemampuan mengapung sebagai respon terhadap lingkungan, diantaranya menyesuaikan intensitas cahaya. Kemampuan tersebut juga dapat berpotensi membuat BGA mendominasi populasi plankton di tambak hingga menyebabkan ledakan populasi (blooming alga).
Beberapa jenis plankton dari BGA bahkan mampu menghasilkan racun yang berbahaya dan dapat merusak jaringan hepatopankreas hingga daging apabila dimakan dan diserap oleh udang. Udang akan menjadi mudah terkena penyakit.
Penyebab ledakan populasi dari blue-green algae yaitu tingginya bahan organik di perairan diantaranya kandungan N, P, dan C sebagai bahan utama pertumbuhan. Fosfor (P) di perairan memiliki peran yang penting dalam pertumbuhan blue-green algae. Tingginya fosfat dan rendahnya nitrat dapat menyebabkan pertumbuhan semakin meningkat. Hal ini dikarenakan beberapa genus BGA dapat memanfaatkan N2 langsung dari udara. Umumnya rasio N dan P perairan yang didominasi oleh blue green algae yaitu < 10:1.
Langkah yang dapat dilakukan untuk menanggulangi ledakan populasi dari blue-green algae yaitu :
Layaknya plankton dari kelompok fitoplankton, BGA mampu berperan menambah konsentrasi oksigen (DO) dan memberikan tambahan nutrisi untuk udang vaname sebagai pakan alami karena memiliki kandungan protein, zat besi dan mineral apabila dikonsumsi oleh udang vaname. Keberadaan blue-green algae tidak selalu membahayakan kelangsungan budidaya. Selama tidak terjadi ledakan populasi dan keragaman fitoplankton pada kolam budidaya tinggi, maka BGA tidak membahayakan keberlangsungan budidaya.