Jenis-Jenis PCR untuk Deteksi Penyakit Pada Udang

Udang vaname merupakan komoditas yang menjanjikan. Budidaya udang kini berkembang sangat pesat, sayangnya risiko penyebaran penyakit juga meningkat. Penyakit yang umumnya menyerang udang vannamei antara lain AHPND, EHP, WSSV, dan IMNV. Deteksi penyakit sejak dini sangat diperlukan untuk mengantisipasi penularan penyakit pada tambak. Salah satunya dengan pengecekan penyakit sebelum tebar benur maupun pengecekan penyakit secara berkala untuk monitoring rutin. 

Metode yang dapat digunakan untuk pengecekan penyakit pada tambak udang adalah uji Polymerase Chain Reaction atau PCR, yang merupakan proses penggandaan cetakan DNA secara berulang kali. PCR memiliki tingkat akurasi yang tinggi dalam deteksi penyakit karena dapat mendeteksi hingga materi genetik atau DNA pada virus yang menyerang udang.

Terdapat beberapa jenis PCR yang biasa digunakan untuk mendeteksi penyakit pada udang, tiga di antaranya:

1. PCR Konvensional

PCR konvensional merupakan metode PCR yang dilakukan secara kualitatif dengan hasil visualisasi pada proses elektroforesis. Hasil yang didapat dari metode PCR konvensional yaitu hanya sebatas positif dan negatif. Rangkaian proses pada PCR konvensional yaitu ekstraksi, amplifikasi, dam elektroforesis. Elektroforesis merupakan proses yang membedakan PCR konvensional dengan PCR yang lainnya. Metode konvensional menjadi salah satu pilihan untuk deteksi penyakit virus yang cukup akurat dengan harga yang relatif lebih murah jika dibandingkan dengan menggunakan PCR Portable Kit.

2. Real-Time PCR/qPCR

Real-time PCR merupakan metode PCR yang tidak hanya dapat mendeteksi keberadaan DNA virus melainkan dapat mengetahui seberapa banyak virus ada pada sampel yang diuji. Konsep metode real-time PCR sama dengan PCR konvensional yaitu dengan mensintesis DNA, namun bedanya metode ini tidak memerlukan proses elektroforesis sehingga mempersingkat waktu. Real time PCR menggunakan fluoresensi yang memungkinkan keseluruhan proses dari penggandaan DNA dapat terbaca langsung. Metode real time PCR termasuk akurat dan cepat serta menunjukkan seberapa banyak virus yang terdeteksi.

3. iiPCR (Insulated Isothermal PCR)

Secara umum, prinsip deteksi iiPCR sama dengan PCR lainnya, hanya saja cara kerjanya berbeda. Pada iiiPCR proses perbanyakan gen target dilakukan pada suhu yang sama, sementara pada PCR konvensional dan real time PCR dilakukan pada 3 suhu yang berbeda dalam satu siklus dan diulang-ulang. Proses iiPCR memerlukan waktu yang lebih singkat dan hasil dapat langsung terlihat secara kualitatif (positif atau negatif) pada display mesin iiPCR atau PCR Pockit. iiPCR mendeteksi hasil positif ketika di dalam sampel didapatkan sinyal lebih dari 10 salinan DNA virus.

PCR mempunyai peranan penting dalam dunia tambak udang untuk deteksi dini penyakit pada udang, sehingga dapat mencegah dan mengurangi kerugian akibat adanya serangan penyakit pada udang. Fasilitas PCR saat ini bisa didapatkan di Balai Karantina Perikanan dan Balai Budidaya Perikanan milik pemerintah, serta bisa didapatkan di fasilitas laboratorium pakan. Saat ini JALA juga memiliki fasilitas pengujian PCR dengan metode iiPCR yang berlokasi di Purworejo, Jawa Tengah.

Sumber:

PCR - Polymerase Chain Reaction: Pengertian, Fungsi, Tahapan Real-Time PCR | Andaru PM

Fitri, Rr. Amaliah, Farida, dan Eko P. 2021. Perbandingan Metode PCR Konventional dengan Metode PCR Portable Kit untuk Deteksi WSSV Pada Udang Vannamei. Jurnal Ruaya. 9(1): 54-62